В связи с разнообразием климата и растительности фауна Эквадора крайне неоднородна. К крупным млекопитающим относятся ягуар, пума, дикая кошка, медведь и несколько видов обезьян.

В прибрежной зоне к северу и западу от Гуаякиля, а также в области Орьенте господствует влажный тропический климат с суточными температурами в пределах 21–29° С и годовой нормой осадков более 2500 мм. В этих зонах развит дождевой тропический лес, местами перемежающийся болотистыми злаковниками по берегам медленно текущих рек.

Центральную часть Эквадора занимает горная область – Сьерра; в ней выделяются три горные цепи (кордильеры), тянущиеся с севера на юг параллельно друг другу, и межгорные впадины шириной местами более 60 км, расположенные между западным и центральным хребтами. К западу от Западной Кордильеры находится Коста – тихоокеанское побережье. К востоку от Восточной Кордильеры расположены предгорные равнины Орьенте, относящиеся к бассейну верхней Амазонки.